日本有哪两类？
题主想说的是“种族”还是“人种”呢？ 如果是前者，那么答案是没有。因为任何人类群体都没有明确的边界（除非你承认基因库非常小的人种是“纯合”的），也没有一个所谓的“日本人起源”。
“雅利安人”“闪米特人”“印欧人”都是历史上民族大迁徙后形成的人群，而不是某个民族最初起源的地方；相反，现代人类是“全球起源”的，各个地区人群之间很少有遗传上的隔离。也就是说几百乃至上千年前的祖先差异并不影响如今的后代血统混合。例如白人与黑人的遗传分化是在非洲大陆产生的。同样，日本的遗传学研究表明，现代日本人和中国人有着几乎完全一样的古代亚洲祖先，并没有受到过什么来自外部的“雅利安人”“闪米特人或印欧人”的殖民或移民。
当然，如果说的是后者——人种，那么就另当别论了。 目前学术界普遍认可的人类是人种是3个人类种族：智人在人类进化中占据了重要的位置，也是目前世界上分布最广的人类，大致相当于黑种人；尼格罗人种（黑人）主要是由智人南部非洲分支演化而来，在进化路上与智人不谋而合；高加索人种(白人)是由欧洲和西亚的古老智人后裔构成的。
这三个基本人种下又分别划分出许多亚群，这些不同的族群虽然彼此有一定的差异，但并无明显的遗传隔离，可以随意通婚。 而日本人属于奈良人种（黄色人种），这个术语用于描述从渤海到日本列岛的东亚人民族和文化，由于第一个发现这种特征的是1895年发现的朝鲜半岛南部的奈良人骨骸。日语把这一人种称为"Hans"，中文也翻译为"汉人"。
而日本人与其他两个基本人种的区分主要在于其较为独特的基因序列，这是他们自成一个物种的证据，当然这也可能是由于岛屿封闭的环境导致的基因漂移现象造成的。