日本为什么分男校女校？
在2017年以前的日本，除了《校园恋爱喜剧》和以体育为题材的剧集外，一般是不存在“男女校园恋情”这种设定的——校园戏里面如果有爱情元素的话（比如男女主角互相暗恋或者单相思），那一定是没戳破这层窗户纸、没有公开恋爱的关系的“朦胧好感”阶段；如果是男女主已经确认关系了的话，那就一定不是校园戏了（比如《一吻定情》那样的“纯爱剧”和《野猪大改造》那样男主追女主的戏)。
总之不论怎么演绎，都不可能像中国电视剧那样直接拍个“校园初恋”的设定进去。这是由于日本的中小学实行的也是男女分校的制度——“男生学校”与“女生学校”，每个学校各收若干年级，每个年级若干班，一班几十人，全部是同性同学，除了特殊社团以外，基本上很少有跟异性接触的机会……因此日本人的初恋总是从社团开始（排球、篮球、足球、轻音乐团等等）而非同窗。 因此在日剧中看到有爱情的元素时，十有八九都是成年以后的故事了。（当然也有例外，比如《花样男子》和《贫穷贵公子》就是直接拿青春期少男少女的情窦初开做文章）
至于题主所说的“为什么分男校女校”的问题，我觉得大概是日本社会“尊重个体差异”（或者说不敢挑战“性别平等”的政治正确性）以及“重视校园秩序”两个因素决定的吧。
首先“尊重个体差别”指的是，因为日本小学中学的升学压力极大，为了减负和提高成绩而进行的教育改革层出不穷，再加上地域差距导致的教育资源不均衡等问题，导致日本学生(尤其是初中高中)普遍感觉学习非常辛苦。在这种情况下如果强制男女合校的话，可能很多男孩子会失去学习的动力（“反正在女生面前也没面子”，“反正也追不到喜欢的姑娘”之类）。所以不如将男孩女孩分开，至少能在一定程度保持住学习上的竞争状态（其实日本学校的班级评比经常按“门监”“阳台值日生”之类的奇怪方式排名，跟国内一样重视学习成绩的排名而不太重视班级内男生的女生的排行）。
第二点提到的“重视校园秩序”，则主要是为了避免男女合校后出现性骚扰及性侵害的问题——这个问题确实很严峻，毕竟日本青少年的性启蒙教育主要来自于A片而不是老师的教导。